Moson megye első gimnáziumát Zsidanics István megyei adószedő alapította. 1736-ban kelt végrendeletében magyaróvári házát, valamint 10 000 forintos alapítványt hagyott a piarista rendre. A piaristák 1739 novemberében kezdték meg a tanítást a gimnázium alsó négy osztályában. A gimnázium a felső két osztály megnyitásával 1760-ban vált teljessé. A közeli Pozsony és Győr nagyobb gimnáziumainak közelsége többször is a végleges megszűnés fenyegette. Mivel a II. József császár által bevezetett, kötelező tandíj miatt csak 22 diákja maradt, a Helytartótanács 1788-ban bezáratta, de a megyei és városi hatóságok szorgalmazására 1799-ben újból megnyílt, és 1801-re teljes, hatosztályos gimnáziummá fejlődött.
A szabadságharc után, 1850-ben a császári kormányzat ismét bezáratta, majd új középiskolai rendhez (Entwurf) igazodva, 1854-ben négyosztályos algimnáziumként nyílt meg, majd 1911-re nyolc osztályos főgimnáziummá fejlődött. Az évek során a régi épületek egyre szűkösebbnek bizonyultak, ezért a városi tanács 1924-ben egyes osztályoknak és szertáraknak a szomszédos régi városháza épületében adott helyet, 1932-ban pedig néhány új termet is építtetett, de a komolyabb épületbővítés elmaradt.
Az intézményhez 1945-től Piarista Diákotthon (fiúkonviktus) is tartozott, a gimnáziumba pedig lányokat is fölvettek, ha nem is nagy számban. 1946/1947-től általános iskolai alsó osztályokkal bővült, amelyek a régi városháza helységeiben működtek.
1948-ban a kommunista hatalom az egész iskolát és a konviktust is államosította. Az állami gimnázium Kossuth Lajos néven működött tovább.
A diktatúra bukása során, 1990 nyarán Németh László mosoni plébános kérésére a régi városi tanács átadta az egykori piarista épület egy részét az egyházközségnek, amely ott áldozatkész pedagógusok és szülők segítségével Keresztény Általános Iskolát nyitott (1-7. osztályokkal), amely folyamatosan bővült; 1993-tól már gimnáziumi osztályai is voltak. Fönntartását és vezetését 1994-ben vette át a piarista rend, amely visszakapta a teljes épületet, az 1960-as években épült új szárnnyal és tornateremmel együtt, valamint kárpótlási pénzből megvásárolta a szomszédos Habsburg-házat. 2021-ben a kormány átadta a piarista rendnek a régi városháza épületét (Városház utca 4.) is, amelyet addig a megyei fióklevéltár használt.
A Piarista Rend Magyar Tartománya 2016 szeptemberétől fenntartóként átvette a Szigetköz Általános Iskola és AMI tagiskolájaként, Timaffy László Tagiskola néven működő hédervári általános iskolát és az önkormányzati óvodát.
Neves piarista tanárai: Windisch (Vashegyi) Alajos (1812–1875) igazgató; Ivánfi Ede (1821–1900) történész, Moson vármegye monográfusa; Peck Ágoston (1823–1887), biológus, Moson vármegye monográfusa; Nagy József (1882–1962) fizikus; Darnay-Dornyay Béla (1887–1965) történész, múzeumigazgató.
Nevezetes diákjai: Alber János (1753–1830) piarista, biblikus, egyetemi tanár; Mednyánszky László (1819–1849) honvédőrnagy, a szabadságharc vértanúja; Bubics Zsigmond (1821–1907) kassai püspök, történész; Flesch Károly (1873–1944) hegedűművész; Szombathelyi Ferenc (1887–1946) vezérezredes, honvéd vezérkari főnök.
