Zala megye első gimnáziumát Batthyány Lajos nádor, Nagykanizsa földesura alapította: 1763-ban 10 ezer forintos alapítványt ajánlott föl a piarista rendnek, hogy a városban latin nyelvű gimnáziumot létesítsen. A piaristák 1765 novemberében kezdték meg a tanítást, mind a hat gimnáziumi osztályban, a Fő utca keleti végén álló, homlokzatával északra néző katonai kvártélyházban. (A helyet később Papkertnek, majd Eötvös térnek hívták.) A gimnáziumba az első évben 394 diák jelentkezett, majd a következő években a létszám valamivel csökkent, de általában elérte a kétszázat.
A 19. századtól a gimnázium fejlesztését Nagykanizsa városa vállalta magára. Az épületet 1822/1823-ban újabb termekkel és emelettel bővítette, ugyanakkor a gimnázium igazgatójára bízta a városi elemi iskolák vezetését is.
Az 1848/1849. évi szabadságharc után bevezetett új középiskolai rendhez (Entwurf) igazodva, 1850-ben az iskola négyosztályos algimnáziumként nyílt meg, alig 80-100 diákkal. A város azonban a helyi birtokosok támogatásával 1867 és 1872 között nyolcosztályossá fejlesztette. Az osztályok és diákok bővülő száma miatt az iskolaépület 1868-ban Geiszl Mór terve szerint déli irányban új szárnnyal bővült, de mivel hamarosan ez is szűknek bizonyult, 1904-ben a gimnázium és a rendház „ideiglenesen” a Sugár úti kiürült honvédlaktanyába költözött. Miután a szomszédos Frigyes-laktanya is megürült, azt kapták meg a piaristák. A Hültl Dezső és Szeghalmy Bálint tervei alapján végzett átalakítás után 1924-től ott folyt a tanítás, és 1928-ban, egy külön épületben fiúkonviktus is létesült.
A gimnáziumba 1945-től lányokat is fölvettek, ha nem is nagy számban. Az intézmény 1946/1947-től általános iskolai alsó osztályokkal bővült. 1948-ban azonban a kommunista hatalom az iskolát és a konviktust is államosította. Az államosított gimnázium eleinte Irányi Dániel, majd 1957-től Landler Jenő néven működött (a szintén államosított Notre Dame leánygimnáziummal összevonva, annak épületében), majd a szocializmus bukása után, 1990-ben a piarista gimnázium alapítójáról, Batthyány Lajos nádorról nevezték el.
A diktatúra bukása után a piarista iskola 1992-ben éledt újra. Mivel épületeit önkormányzati iskolák használták, a város a Batthyány utcai bölcsőde üres épületét engedte át. Az első általános iskolai osztály 16 fős volt. A folyamatosan növekvő intézmény 1993 nyarán egy Petőfi utcai iskolaépületbe, majd 1995-ben saját Sugár úti épületegyüttesébe költözött, amelyet a rend lassanként, 2006-ig kapott teljesen vissza. Eközben az iskola gimnáziummal bővült, és így 12 osztályos intézménnyé fejlődött. Az első osztály 2004-ben érettségizett. 2001-ben ismét megnyílt a diákotthon, 2008-ban pedig az óvoda, amelynek 2015-ben önálló épületszárnyat emeltek.
Neves tanárai: Keszthelyi László (1732–1809) latin költő; Endrődy János (1757-1824) irodalomtörténész; Perlaky Mihály (1814–1889), nemzetőr, a szabadságharc áldozata; Perényi József (1871-1938) irodalom- és színháztörténész; Juhász Miklós (1917-1981) művelődéstörténész, a kommunizmus áldozata.
Nevezetes diákjai: Virág Benedek (1752–1830) pálos költő; Deák Ferenc (1803–1876), „a haza bölcse”; Hevesi Sándor (1873–1939) író, a Nemzeti Színház igazgatója; Fejtő Ferenc (1909–2008) történész, író; Lékai László (1910–1986) esztergomi érsek; Tüskés Tibor (1930–2009) író, irodalomkritikus.
